La fermentation malolactique dans le vin est une étape essentielle dans le process d’élaboration des vins rouges et effervescents, et recherchée dans certains vins blancs et rosés. Les critères de sélection des bactéries s’orientent vers le choix de souches permettant de complexifier le profil organoleptique des vins tout en évitant la production de composés indésirables. L’IFV a décidé d’investir dans cette technique en équipant son centre de Vertou, près de Nantes, d’une électrophorèse capillaire afin de pouvoir caractériser la collection d’Oenococcus oeni grâce la technique VNTR (Variable Number of Tandem Repeat).

De la même manière que la fermentation alcoolique, la fermentation malolactique doit être pilotée pour que le vin ne subisse ni altération, ni déviation organoleptique. Le but recherché est d’imposer dans le vin le développement d’une flore bactérienne (généralement O. oeni) qui consommera régulièrement et intégralement l’acide malique du vin.
La fermentation malolactique présente plusieurs intérêts comme désacidifier les vins (par la conversion de l’acide L-malique en acide L-lactique), complexifier le profil aromatique ou encore limiter les risques biologiques liés aux flores indigènes d’altération (telles que Brettanomyces par exemple).
Ce dernier point présente un intérêt tout particulier et permet la limitation et la réduction de l’utilisation du SO₂ qui est un des enjeux majeurs depuis quelques années à la demande des consommateurs et des acteurs de la filière.

La sélection de bactéries 

Depuis plus de 20 ans, l’IFV caractérise et sélectionne des souches de bactéries de l’espèce Oenococcus oeni. Ces souches sont isolées de vins en cours de fermentation malolactique.
Dans un premier temps, à partir de tests de tolérance aux principales contraintes (alcool et acidité) les souches les plus performantes sont sélectionnées.
Puis intervient, au niveau du laboratoire, la phase d’essais d’inoculation de vins avec différents paramètres physico-chimiques afin d’évaluer la capacité fermentaire des bactéries. L’absence de métabolismes préjudiciables à la qualité du vin est également vérifiée. Des vinifications sont ensuite réalisées en cuveries expérimentales.

Oenococcus oeni est une espèce difficile à caractériser génétiquement mais de plus en plus de travaux développent des méthodes de caractérisation rapide permettant d’appréhender de manière efficace la diversité des souches O. oeni et notamment l’analyse de séquences d’ADN répétées en tandem dans un locus génétique donné appelée analyse VNTR (Variable Number of Tandem Repeat).

Cette technique innovante permet un typage intra-spécifique des souches d’Oenococcus oeni avec un polymorphisme plus important que les autres techniques déjà existantes et ainsi constituer une collection de souches caractérisées finement.
Concomitamment à l’acquisition d’une électrophorèse capillaire, un partenariat est conclu avec la Société Biolaffort (Groupe Laffort) pour la sélection et la caractérisation de souches d’Oenococcus oeni afin d’enrichir l’offre de marché et de répondre aux attentes prioritaires pour les professionnels de la filière.

Le but de la technique VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) :

L’analyse VNTR est utilisée pour discriminer les souches d’une même espèce. Elle repose sur la présence, en nombre variable, de répétitions en tandem contenues dans un locus spécifique du chromosome d’un microorganisme. Le nombre de répétition (TR) d’un locus peut être détecté et déterminé par PCR en utilisant des amorces dessinées dans les régions adjacentes.
Cette technique est utilisée pour sélectionner une grande diversité de souches dominantes d’Oenococcus oeni tout en caractérisant finement la collection.
Dans un second temps plusieurs tests génétiques vont être effectués sur les souches sélectionnées afin de détecter les marqueurs génétiques d’altération mais aussi d’intérêt définis avec l’industriel.

Par la suite, des microvinifications sont réalisées au laboratoire en milieu modèle et sur moût, puis en cuverie, pour tester les propriétés technologiques des bactéries sélectionnées souvent en comparaison de souches commercialisées.
Une fois retenue pour ces propriétés technologiques, la/les souche(s) de bactéries doit être testée selon un dernier critère incontournable pour son développement industriel ; il s’agit de son aptitude à la production industrielle et au séchage. Cette étape finale est sous le contrôle de l’industriel qui assure la production de la souche.