La méthode officielle utilisée en France pour la détection des phytoplasmes de la Flavescence Dorée et du Bois Noir sur vigne est réalisée sur feuilles symptomatiques en q-PCR (MOA006_v2a_FDBN_triplex, méthode ANSES). Cette méthode ne permet néanmoins pas de traiter un grand nombre d’échantillons dans les délais courts imposés pour la détection des phytoplasmes de la Flavescence Dorée et du Bois Noir par les DRAAF-SRAL.

Le laboratoire de l’IFV, situé au Grau du Roi, dans le Gard, a développé une méthode dérivée en modifiant l’étape d’extraction pour pouvoir traiter un plus grand nombre d’échantillons tout en conservant la sensibilité et la spécificité. L’utilisation de cette méthode dans le cadre d’analyses officielle a été autorisée par le ministère (DGAL, mai 2016) après évaluation par l’ANSES.

Cette méthode n’est validée que sur feuilles symptomatiques et ne peut donc, en l’état, être utilisée sur bois.

Des essais préliminaires menés fin 2022 et début 2023, ont permis d’évaluer la faisabilité de la détection du phytoplasme du Bois Noir sur bois et de cibler le type de sarments à prélever pour optimiser le taux de boutures positives. Les résultats obtenus montrent qu’on peut détecter ce phytoplasme sur des sarments symptomatiques plus ou moins aoûtés mais qu’il est réparti de façon hétérogène entre les sarments d’une même souche et pas détectable sur toute la longueur de ces sarments.

Les résultats entre sites se sont aussi avérés variables semblant indiquer que l’environnement de la parcelle au sens large (climat, mode de conduite…) pourrait avoir un impact sur la charge en phytoplasme et sa détectabilité pour un même cépage.

Différentes modalités de prise d’essais ont été testées dont la position de l’échantillon le long du sarment ou des prélèvements sur sarments symptomatiques et non symptomatiques. De plus, plusieurs méthodes d’extractions ont été comparées. Les premiers résultats sont encourageants, néanmoins les amplifications sont assez tardives indiquant une concentration en phytoplasme assez faible. Des optimisations sur la prise d’essai et l’extraction sont donc possibles.

Il est prévu de dédier plusieurs mois, en 2024, à cette optimisation qui portera notamment sur la préparation des échantillons, afin de voir s’il est possible d’enrichir la prise d’essai en tissus phloémiens, sur l’extraction proprement dite ainsi que sur les conditions d’amplification.

La méthode développée doit être applicable à un grand nombre d’échantillons dans un délai court. Cette méthode sera aussi testée sur le phytoplasme de la Flavescence Dorée. A terme, l’objectif serait en effet de pouvoir faire valider cette méthode sur bois par les instances officielles afin de pouvoir la proposer en complément des analyses sur feuilles. Nous avons déjà des demandes en ce sens notamment dans le cadre de contre-expertises hors saison notamment.

Article de synthèse rédigé par Coraline Damasio, Anne-Frédérique Sevin, Anne-Sophie Spilmont (IFV)