Dépérissements

Principales viroses

Les viroses constituent une cause probablement majeure de dépérissement du vignoble en jouant à la fois sur la production et la mortalité ainsi qu’en modifiant la qualité des raisins. C’est notamment le cas du court-noué et de l’enroulement. Plus récemment des viroses dites « émergentes » ont fait leur apparition et nécessitent un suivi afin de mieux les connaître et caractériser leur potentiel de nuisibilité pour la vigne. Enfin, les progrès en matière de biologie moléculaire profitent également au suivi des viroses et ouvrent des perspectives en termes de nouveaux outils méthodologiques pour leur étude.

Court noué

La virose du court-noué est complexe pour de multiples raisons : disséminée par des nématodes dans le sol, évoluant lentement sur plusieurs années, ses symptômes sont parfois peu visibles et sa nuisibilité qui peut être forte est aussi irrégulière. Avec la disparition progressive des méthodes de lutte chimiques et dans un contexte de dépérissement grandissant, le court-noué fait l’objet de nombreux travaux depuis ces dernières décennies. Ces travaux sont menés dans le cadre d’un groupe de travail national multi-organismes en collaboration avec la recherche fondamentale. Des nouveaux projets doivent également démarrer en 2020.

Derniers résultats acquis

Porte-greffe tolérant

Pour ce faire, la principale stratégie de lutte visée repose sur l’utilisation de porte-greffes plus tolérants aux nématodes permettant de retarder autant que possible les contaminations. Ces porte-greffes sont obtenus par croisement naturel avec des espèces de vigne résistantes aux nématodes comme les Muscadines afin d’introgresser  les gènes de résistance. A ce jour, seul le NemadexAB a été évalué et est inscrit au catalogue. Un réseau national d’essais a permis de montrer que son aptitude à retarder les contaminations est généralement bonne, malgré un faible potentiel de vigueur et de production qui, alliés à sa faible résistance au calcaire et à sa difficulté de travail en pépinière, en font un porte-greffe difficile et peu adapté à la majorité des terroirs français. 

Plantgrape

Des travaux sont donc en cours à l’INRA afin de pouvoir proposer à terme une gamme de porte-greffes tolérants diversifiée. Cela passe par une meilleure connaissance préalable de la résistance au nématode vecteur afin d’accélérer la sélection et donc l’obtention de matériel : plusieurs projets ont été conduits récemment dans ce but.

Plantes « nématicides »

D’autres travaux expérimentaux en cours testent l’intérêt d’un ou plusieurs cycles de plantes pendant la jachère après l’arrachage pour renforcer l’efficacité du repos du sol. Ces travaux, de longue haleine, sont conduits en réseau. A ce stade ils ne permettent pas encore de démontrer une efficacité des plantes testées supplémentaire à celle du repos du sol sur les contaminations par le virus. Toutefois, du fait de l’intérêt agronomique de maintenir une couverture végétale du sol, il est possible pour les viticulteurs qui souhaitent installer une culture de faire leur choix parmi les plantes qui font l’objet d’une expérimentation au vignoble, seules ou en mélange, tout en adaptant leur choix à la région et à la parcelle : luzerne, vesce velue, sainfoin ou trèfle violet parmi les légumineuses, l’avoine pour les céréales ou encore la moutarde blanche pour les crucifères. Avec une vigilance sur la moutarde dont la gestion est difficile (montée en graine qui peut constituer un stock de semence important dans le sol). Par contre, en l’état actuel de nos connaissances, la phacélie, le sarrasin, le sorgho et le chanvre sont à déconseiller du fait d’un possible effet favorable sur les nématodes.

Découvrir les publications de Vitinnov sur les plantes nématicides

4 nouveaux projets

VACCIVINE

De nouvelles stratégies de contrôle du court-noué sont recherchées tant au niveau biotechnologique, génétique que biologique. Ce projet vise à évaluer la prémunition par des souches de virus peu agressives comme stratégie de biocontrôle. Les objectifs de VACCIVINE sont d’apporter des éléments de compréhension sur les différents niveaux de protection observés dans les vignes prémunies, d’en étudier le mécanisme, d’identifier de nouvelles souches de virus prémunisantes et de les expérimenter d’abord en serre puis au vignoble à l’issue du projet. 

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COUPRE1

Le court-noué peut-être très dommageable, ses symptômes sont bien connus et de nombreuses observations suggèrent qu’il est très répandu dans nos vignobles. Toutefois aucune estimation précise de sa prévalence et de sa nuisibilité au vignoble n’existe. Et pour cause : connaître cela implique d’être capable de le diagnostiquer à large échelle de manière représentative, ce qui requiert une méthodologie et des outils adaptés. C’est l’objectif de ce projet piloté par l’UMR EGFV et Bordeaux Sciences Agro, d’élaborer et tester une méthodologie d’estimation de la prévalence et de la nuisibilité du court-noué pour les vignobles qui souhaiteraient l’utiliser.

JASYMPT

Un projet verra le jour en 2020 pendant 3 ans afin de poursuivre les différentes voies de lutte appliquée contre le court-noué. En plus de la poursuite de l’axe sur les jachères à base de plantes « nématicides », de nouveaux axes seront abordés sur les thématiques du repos du sol et de la symptomatologie du court-noué. Pour ce qui est du repos du sol, le but est d’encourager sa pratique en étudiant s’il est possible d’améliorer le diagnostic de la durée de repos (actuellement de 7 à 10 ans) en l’adaptant au potentiel infectieux de la parcelle avant arrachage. Enfin, un axe sur la symptomatologie du court noué sera abordé afin d’une part, de mieux la connaître (sa variabilité au sein d’une parcelle, sa stabilité entre années etc) et de tester des pratiques qui permettraient de réduire l’intensité des symptômes et donc la nuisibilité.

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REDUNEM

Avec pour objectif l’identification des gènes impliqués dans la tolérance au court-noué, un nouveau projet de recherche piloté par l’INRA vient de démarrer pour lequel l’IFV est partenaire. L’IFV produira du matériel végétal par hybridation et réalisera le marquage moléculaire des descendants obtenus. Le livrable principal sera une liste de marqueurs moléculaires utilisables en sélection de nouveaux porte-greffes tolérants au court-noué.

Enroulement

L’enroulement est une virose grave qui cause des pertes de rendement et de qualité. Cette maladie est parfois méconnue de la profession en particulier dans les régions où les cépages blancs dominent car les symptômes sont là beaucoup moins évidents. Les moyens de lutte habituels reposent à la fois sur la plantation de matériel sain et l’usage d’insecticides contre les vecteurs que sont les cochenilles. L’efficacité limitée de ces traitements et les évolutions réglementaires incitent à réfléchir différemment la gestion de ces viroses.

Le projet GeEnVI

Les recherches ont mis en évidence la dissémination de l’enroulement viral au vignoble par des insectes vecteurs : les cochenilles. La lutte contre cette maladie prend donc un caractère collectif, du fait que ces vecteurs aériens sont capables de transmettre la maladie d’une parcelle à une autre et donc potentiellement entre exploitations différentes. La lutte contre l’enroulement dans une zone viticole nécessite donc la mise en place d’un réseau d’acteurs pertinents, afin de fédérer, organiser et accompagner la démarche pour qu’elle soit efficace.

Le projet GeEnVi a pour objectifs de préserver le potentiel de récolte, la qualité des vins et la qualité sanitaire du matériel végétal grâce à une gestion collective de la lutte et une meilleure connaissance du pathosystème pour agir plus efficacement.

Le projet GeEnVi propose de :

  1. Constituer et animer des réseaux de viticulteurs à l’échelle de coteaux (Champagne & Alsace) pour ensuite poser les bases d’une gestion collective de l’enroulement ;
  2. Sensibiliser et former les viticulteurs à la détection des ceps atteints des deux coteaux candidats
  3. Faire un état des lieux des coteaux candidats par rapport à la fois aux vecteurs et à la maladie en utilisant notamment l’imagerie par drone sur cépages rouge et blanc.

Ces actions constituent une phase préalable du futur projet LutEnVi (Lutte contre l’Enroulement viral de la Vigne) en cours de construction.

Viroses émergentes

Outre les viroses historiques connues comme préjudiciables (court noué et enroulement), certaines viroses émergentes pourraient être inquiétantes pour la filière. C’est notamment le cas du RedBlotch (GRBaV) identifié pour l’instant uniquement sur le territoire nord-américain et du virus du Pinot gris (GPGV) identifié depuis 2012 dans plusieurs pays européens et en France en 2015. Des travaux sont menées sur ces viroses afin d’identifier leur présence sur le territoire et leurs potentielles conséquences agronomiques.

RedBlotch et GRBaV

Le virus associé à cette maladie (GRBaV) a été identifié aux USA en 2012 sur des vignes symptomatiques par HTS (« Highthroughput screening »). Depuis, il a été identifié au Canada et ponctuellement dans une collection Suisse et en Corée du Sud. Les analyses réalisées depuis quelques années ont montré qu’il était de fait très répandu sur le continent Américain. Les symptômes très proches de ceux de l’enroulement avaient sans doute conduit à des confusions. Les impacts agronomiques sont importants avec des maturités incomplètes et des qualités de vins inférieures ce qui en fait, actuellement, un problème majeur aux Etats-Unis.

Dès l’identification de ce virus, des tests ont été menées sur le matériel français.
Ainsi, dans notre collection, les accessions, originaires des USA ont toutes été testées : on a pu confirmer l’absence d’infection par ce virus. La recherche du GRBaV par PCR a aussi été ajoutée au processus de sélection des clones. Des analyses sont ainsi menées sur ce virus dans le cadre de la procédure d’agrément tant en amont (début de la sélection) qu’en aval (avant l’agrément des nouveaux clones). Ce virus a aussi été recherché sur des vignes présentant des symptômes de type enroulement. Dans tous ces cas, le GRBaV n’a jamais été identifié. Il semble donc, à cette date, absent du territoire français.

GPGV et Maladie du Pinot gris

En 2012, un nouveau virus était identifié par HTS (« high throughput screening ») dans des ceps de Pinot gris présentant des présentant des déformations foliaires et des rabougrissements, dans le nord de l’Italie). Ce virus a été baptisé GPGV pour « Grapevine Pinot gris virus » et les symptômes associés « Maladie du Pinot gris ». Recherché sur d’autres variétés en Italie puis dans le reste du monde, ce virus s’est avéré être extrêmement répandu sans que sa présence ne s’accompagne systématiquement de symptômes. Plusieurs pistes sont évoquées pour expliquer la présence fréquente du GPGV en l’absence de symptômes. Seuls certains variants de ce virus seraient capables d’induire des symptômes (variants dits « agressifs »), la « charge virale » pourrait aussi jouer un rôle sans pour autant négliger l’environnement de la parcelle qui induirait ou non l’expression des symptômes.

Dans une première enquête réalisée en 2016-2017, dans différentes régions viticoles françaises, le GPGV a été détecté dans 65% des échantillons analysés ce qui semble indiquer une présence déjà très importante de ce virus pourtant qualifié d’émergent. Ce virus a été détecté indépendamment de l’âge des parcelles et sur de très nombreuses variétés. En revanche, la « maladie du Pinot gris » semble pour l’instant peu présente en France. A cette date, des symptômes typiques ont pu être observés sur Pinot noir et Meunier en Champagne, Vermentino en Occitanie, Ugni Blanc dans le Gers et des symptômes proches ont ponctuellement été identifiés sur du Zinfandel, du Tempranillo, du Muscardin et du Biancu Gentile.

Néanmoins cette liste de cépages peut être amenée à évoluer. Les surfaces concernées semblent pour l’instant limitées et les conséquences agronomiques assez mineures.

Pour en savoir plus, un nouveau de recherche associant 12 partenaires a été initié en 2019. Les objectifs en sont décrits ci-dessous.

Nouveau projet

Le projet « GPGV », qui mobilise 11 partenaires (de terrain et scientifiques) se propose de faire un état des lieux sur la présence en France de cette virose et des symptômes qui pourraient lui être associés (symptômes typiques ou apparentés à la MPG). Pour cela, le virus sera recherché dans un réseau de 120 parcelles dites « sentinelles » et réparties dans les différents bassins viticoles français. Suite aux premières prospections dans les vignobles, un recensement de parcelles présentant des symptômes typiques ou apparentés à la MPG sur les principaux cépages sera réalisé. Certaines de ces parcelles symptomatiques seront également suivies pour une étude de nuisibilité sur les composantes du rendement sur quelques cépages français, générant ainsi une meilleure connaissance des symptômes et de leur impact possible. Un autre objectif du projet est aussi de clarifier les liens entre symptômes MPG ou MPG-like et des variants du GPGV et d’évaluer les effets synergiques potentiels avec d’autres virus. Ce projet apportera des données précises et chiffrées sur la présence du GPGV dans les différents bassins viticoles et sur son épidémiologie. Il permettra ainsi une évaluation raisonnée des risques posés par le GPGV en termes de symptômes et de nuisibilité pour un panel de cépages français.

Les résultats obtenus, ainsi que la photothèque et les plaquettes descriptives des symptômes, réalisés dans le cadre de ce projet, seront mis à disposition de l’ensemble de la filière.

Nouveaux outils de détection

Nanobodies

Les nanobodies sont des petits anticorps d’environ 15kDa produits par les Camélidés. Ils pourraient constituer un puissant outil de diagnostic en remplacement des sérums actuellement commercialisés de par leur coût de production réduit et leur sensibilité potentiellement supérieure à celle des anticorps classiques. Des travaux ont été menés sur cet axe sur le GFLV et l’ArMV dans de la cadre d’une collaboration avec l’IBMP de Strasbourg et l’INRA de Colmar. Les recherches ont permis d’évaluer le potentiel des Nanobodies (Nb) pour la détection des virus dans le cadre de tests de type ELISA. Les résultats obtenus sur le GFLV sont très satisfaisants puisque le test développé a donné des résultats équivalents au sérum commercialisé par Bioreba que ce soit sur les collections de témoins ou sur des échantillons prélevés au vignoble (Vaucluse et Alsace). Pour l’ArMV le test a été validé sur 196 échantillons prélevés au vignoble. Des études sont en cours pour intégrer ces nanobodies dans des kits de détection commercialisés. Les études se poursuivent pour produire de nouveaux sérums de type nanobodies contre d’autres viroses importantes.

NGS

Les méthodes de détection classiques des virus (comme l’ELISA & la PCR) nécessitent d’avoir identifié en amont le ou les virus recherché(s). Néanmoins sur les 70 virus identifiés à ce jour sur la vigne, seuls certains sont facilement détectables car il n’existe pas forcément de sérum (pour l’ELISA) ou d’amorces (pour la PCR). De nouvelles méthodes moléculaires dénommées HTS (« high throughput screening ») ont été développées ces dix dernières années. De 2009 à 2015, 7 nouveaux virus ont ainsi été découverts sur vigne par cette méthode qui ouvre de nouvelles perspectives pour le diagnostic même si le coût reste actuellement élevé (plusieurs centaines d’euros par échantillon).

Différentes techniques ont été développées par les laboratoires et, avant d’envisager de pouvoir les utiliser en routine, en complément des méthodes de détection actuelles (indexage, ELISA ou PCR), leurs intérêts respectifs et leurs limites potentielles doivent être évaluées. Des étapes de validation sont donc encore nécessaires qui permettront ensuite de les utiliser pour identifier d’éventuels nouveaux virus ou évaluer leur présence dans le matériel végétal.

Des formations spécifiques développées

La formation PAThOGEN

La formation PAThOGEN propose une approche innovante pour tout connaître sur les maladies virales de la vigne en combinant enseignement en ligne et sessions de formation sur le terrain. L’e-learning est proposé en 2 niveaux : Basique et Avancé. Des sessions terrain facultatives existent, au printemps et à l’automne, qui permettent de reconnaître les symptômes des principales maladies virales et des confusions possibles.

L’équipe projet

IFV Pôle Matériel Végétal , IFV Pôle Alsace, IFV Pôle Rhône-Méditerranée, IFV Pôle Sud-Ouest, IFV Pôle Val de Loire – Centre, IFV Pôle Bourgogne-Beaujolais-Jura-Savoie.

AS Spilmont (30)
M Claverie (84)
AF Sevin (30)
O Yobregat (81)
V Grondain (49)
C Abidon (67)
I Beccavin (30)
A Ruiz (30)
V Wilhelm (83)
FM Bernard (21)
J Thomas (21)
C Moisy (34)

Les partenaires

INRA Colmar (UMR SVQS), INRA Bordeaux (UMR EGFV), INRA PACA (UMR ISA), CIVA, CIVC, Station viticole du BNIC, ATVB, SICAVAC, IVC, Vitinnov, Chambres d’agriculture (33, 34, 66, 84) , Sicarex Beaujolais, C, Syndicat des Vignerons des Côtes du Rhône, GRAB, Montpellier Supagro (domaine du Chapitre) et les Pépinières Guillaume (Haute-Saône), Cave du Roi Dagobert (67)    

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Publications

  • Abidon C., Spilmont A.S., Beuve M., Herrbach E., Lemaire O., Reinbold C., Fuchs R., Bohnert P., Breuer M., Froehly A., Hoffmann C. (2018) Guide d’information sur l’émergence du virus du pinot gris et sa propagation, novembre 2018. (lien vers pdf )
  • Ackerer L. (2016) Les nanobodies : un nouvel outil de diagnostic de la maladie du court-noué de la vigne, Thèse, Université de Strasbourg. pp. 373. (lien vers thèses)
  • Beccavin I., Spilmont A.-S. (2016) Les viroses de la vigne, fiche IFV, Le Grau du Roi.
  • Claverie M. (2016)  NemadexAB: bilan des réseaux d’expérimentation en France.Le Progrès agricole et viticole 3:17-29.
  • Vitinnov, Bordeaux Sciences Agro,Chambre d’Agriculture de Vaucluse, IFV, CIVC, GRAB, INRA. (2016), Evaluation de la pratique de la jachère dans la lutte contre le court-noué, Fiche technique du groupe Court-noué
  • Spilmont A.-S., Sevin A.-F., Dubreuil A., Beccavin I., Beuve M., Candresse T. (2017) Occurrence of Grapevine Pinot gris virus in France: field monitoring in diverse viticulture areas, Congrès RVV (16ème rencontres de Virologie Végétale)
  • Spilmont A.-S., 2018 Un nouveau virus se répand au niveau mondial : le GPGV. Le Vigneron des Côtes du Rhône et du Sud-Est, 883, p 20-22 (lien vers pdf)
  • Spilmont A.-S., Beccavin I., Demangeat G., Ackerer L., Kosfitskas M., Ritzenthaler C. (2018a) Nanobodies against GFLV and ArMV: ready for the diagnostic of fanleaf in vines?, Colloque ICVG, Santiago, Chili. (lien vers poster)
  • Spilmont A.-S., Sevin A.-F., Guinard J., Beuve M., Alliaume A., Marais A., Faure C., Candresse T., Lemaire O. (2018c) Occurrence of Grapevine Pinot gris virus (GPGV) and Grapevine Leaf Mottling and Deformation (GLMD) syndrome in France : genetic diversity and field monitoring in diverse viticulture areas, ICVG, 19th congress, Santiago, Chili. (lien vers proceeding)