Le LPA Vitivirobiome participe à un congrès international dédiés aux virus de la vigne 

La vingt-et-unième édition de l’International Council for the Study of Virus and Virus-Like Diseases of the Grapevine (ICVG) s’est tenue en Nouvelle-Zélande du 23 au 27 mars. Ce congrès international trisannuel offre une occasion unique d’échanger et de s’informer sur les dernières avancées concernant les virus de la vigne. A cette occasion, Jean-Michel Hily, Isabelle Martin et Dalia Djaboub du LPA Vitivirobiome, laboratoire partenarial associé entre l’IFV et INRAE, ont présenté leurs travaux de recherche récents.  

Explorer les bases de données publiques mondiales pour mieux connaitre le virome de la vigne 

Jean-Michel Hily (IFV) a exposé les avancées du projet VitiMining, lancé en 2024 dans le cadre du Plan National Dépérissement du Vignoble (PNDV). L’objectif est d’exploiter les données publiques issues du séquençage haut débit (HTS) afin d’identifier des séquences virales. Pour cela, l’équipe a développé un pipeline bio-informatique basé sur Nextflow, une chaîne de traitements automatisée permettant de détecter ces séquences dans de vastes bases de données. Sur les 17 800 jeux de données d’intérêt identifiés, plus de 1 000 ont été analysés en détail. Les résultats révèlent que 96 % des échantillons contiennent au moins un virus, avec généralement une à douze espèces virales par échantillon. Les travaux menés dans le cadre de ce projet contribuent à enrichir la connaissance sur la diversité génétique des virus de la vigne permettant de perfectionner les méthodes de biologies moléculaires ciblées actuelles et à améliorer l’efficacité des analyses post-séquençage.  

Optimiser les méthodes de détection des virus de la vigne par HTS 

Isabelle Martin (IFV) a présenté le projet OptiSeq, lancé en 2022 dans le cadre du CASDAR, dont l’objectif est d’optimiser les protocoles d’échantillonnage et préparation des extraits d’acides nucléiques en amont du séquençage haut-débit afin d’améliorer la détection des virus. Dans ce cadre, le LPA Vitivirobiome a développé des vignes multi-infectées au statut viral caractérisé (10 espèces virales et 3 viroïdes), multipliées ensuite par bouturage. Des prélèvements ont été réalisés sur différents organes (feuilles, bois, racines et vrilles) de la vigne-mère et des et boutures résultantes. Les résultats montrent que le bois permet la détection de l’ensemble des séquences (virus, satellites et viroïdes) au sein de chaque plante. À l’inverse, les feuilles apparaissent comme la matrice la moins performante, avec une perte pouvant atteindre 50 % des espèces et de variants viraux, limitant ainsi leur capacité à décrire fidèlement le virome. Par ailleurs, les vignes filles présentent un nombre de séquences virales inférieur à celui de la vigne-mère. Ces premiers résultats permettent de mieux cibler les organes à privilégier pour l’analyse et de mettre en évidence les étapes critiques influençant la qualité des données. 

Comprendre la distribution du Grapevine pararetrovirus (GPRV) 

Dalia Djaboub (ANSES-INRAE) a présenté ses travaux de thèse sur le Grapevine pararetrovirus (GPRV), récemment détecté dans les vignobles français dans le cadre du projet Lutenvi (PNDV). La présence de ce virus à ADN double brin est à l’heure actuelle toujours associée à des symptômes atypiques sur la vigne. Afin d’évaluer sa présence sur le territoire, des tests PCR ont été menés sur des échantillons de vignes symptomatiques prélevés dans plusieurs vignobles français. Huit échantillons se sont révélés positifs : un en Alsace, quatre en Bourgogne et trois en Champagne. Parallèlement, l’exploration de bases de données mondiales a permis l’analyse de 2 545 échantillons et a révélé la présence du GPRV, mais également de quatre autres virus à ADN. Le GPRV a été identifié dans cinq échantillons : un de France, un de Bulgarie, deux de Géorgie et un d’Azerbaïdjan. Ces résultats suggèrent une distribution géographique déjà étendue du virus. Les recherches se poursuivent afin de mieux comprendre sa diversité génétique et son évolution, dans le but de retracer son histoire évolutive et d’évaluer son impact sur le vignoble. 

Le LPA Vitivirobiome, au cœur des dernières avancées sur le virome de la vigne 

Cette édition a été marquée par la nomination de Jean-Michel Hily en tant que membre du comité de pilotage scientifique de l’ICVG. Ce cercle restreint de dix experts, présidé par Marc F. Fushs, discute des dernières avancées et des futurs axes de recherche en virologie. Pour la première fois, le comité accueille un membre ne provenant ni d’une université, ni d’un institut de recherche publique. Le LPA Vitivirobiome se distingue ainsi par son rôle moteur dans l’exploration du virome de la vigne. À travers ses projets, il contribue activement aux avancées du domaine, notamment grâce aux techniques HTS. Entre exploitation de jeux de données à grande échelle, optimisation des méthodes d’analyse et détection de nouveaux virus, les connaissances progressent rapidement. Un enjeu clé pour mieux comprendre, surveiller et à terme, limiter l’impact des virus sur les vignobles. 

QU’EST-CE QUE LE LPA VITIVIROBIOME ?

L’IFV et INRAE ont créé en 2023 le LPA Vitivirobiome afin de mutualiser leurs outils, connaissances et compétences en virologie et en biologie moléculaire. Le laboratoire développe et utilise les techniques de séquençage haut débit (HTS) pour mieux caractériser le virome de la vigne. L’objectif est d’améliorer la réactivité et l’anticipation face aux maladies et virus émergents et à terme, de renforcer le contrôle de la qualité sanitaire des plants de vigne. 

Pour en savoir + sur les activités du laboratoire