UMT-RMT-LPA

LPA Vitivirobiome

Contexte

La vigne est une espèce particulièrement exposée aux infections virales, avec plus de 100 virus identifiés à ce jour. Si certains sont responsables de maladies bien connues affectant la productivité et la qualité des raisins, d’autres restent encore peu caractérisés et pourraient jouer un rôle complexe dans le fonctionnement biologique de la plante. Dans un contexte marqué par l’intensification des échanges internationaux et des effets du changement climatique, la filière viticole est confrontée à l’émergence de nouvelles viroses et à l’évolution des dynamiques épidémiologiques. Parallèlement, les progrès récents en biologie moléculaire, notamment le séquençage haut débit (HTS), permettent désormais une exploration plus fine du virome de la vigne. 

C’est dans cette perspective que l’Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV) et INRAE ont créé en 2023 le Laboratoire Partenarial Associé (LPA) Vitivirobiome, afin de mutualiser les outils, connaissances et compétences dans le domaine de la virologie et de la biologie moléculaire. 

Enjeux

Le LPA Vitivirobiome répond à des enjeux majeurs pour la viticulture : 

 

  • Sanitaires : mieux détecter, caractériser et surveiller les virus de la vigne présents et émergents ; 
  • Scientifiques : approfondir la compréhension des interactions entre la vigne et son virome ; 
  • Économiques : sécuriser la production viticole et améliorer la qualité sanitaire du matériel végétal ; 
  • Environnementaux : anticiper les impacts du changement climatique sur la propagation et l’évolution des virus. 
Objectifs

Le programme scientifique du LPA Vitivirobiome, structuré sur cinq ans (2023–2028), s’articule autour de plusieurs axes structurants : 

 

  • Développer les méthodes HTS sur la vigne : le LPA vise à faire évoluer et à optimiser les protocoles de séquençage à haut débit ; 
  • Caractériser le virome de la vigne : les travaux portent sur l’identification de nouveaux virus, l’étude des co-infections et l’analyse des interactions entre virus et plante, afin de mieux comprendre leur rôle dans la physiologie de la vigne ; 
  • Améliorer la qualité sanitaire du matériel végétal : le LPA a pour objectif d’optimiser les protocoles de contrôle et d’accélérer le schéma de certification ; 
  • Développer des stratégies de gestion des viroses : les recherches visent à anticiper les risques émergents et à proposer des approches innovantes de gestion, incluant des stratégies de prémunition ; 
  • Accompagner la filière viticole : les connaissances produites ont vocation à être transférées vers les professionnels, afin d’améliorer les pratiques et soutenir la prise de décision. 
Organisation du LPA Vitivirobiome

Pilotes
Institut Français de la Vigne et du Vin (Unité de Colmar) et INRAE UMR SVQV (Colmar – Equipe Virologie et Vection). 

Animateurs
Jean-Michel HILY (IFV) et Olivier LEMAIRE (INRAE) co-animent le laboratoire. L’équipe du Vitivirobiome est composée de personnels INRAE, mais aussi d’Isabelle MARTIN (IFV), Loralie Rigaud (IFV), et de Dalia DJABOUB (doctorante INRAE). 

Localisation
Les activités du LPA sont localisées sur le centre INRAE Grand Est-Colmar.  

Bibliographie
  • Hily, J.M., et al., Datamining, Genetic Diversity Analyses, and Phylogeographic Reconstructions Redefine the Worldwide Evolutionary History of Grapevine Pinot gris virus and Grapevine berry inner necrosis virus. Phytobiomes Journal, 2020. 4(2): p. 165-177. https://doi.org/10.1094/PBIOMES-10-19-0061-R 
  • Fuchs, M., et al., A list of eclectic viruses, virus-like diseases and viroids of grapevines that should not be considered for regulatory oversight: a global plea from virologists. Journal of Plant Pathology, 2025. https://doi.org/10.1007/s42161-025-01871-9 
  • Rubino, L., et al., Summary of taxonomy changes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses from the Plant Viruses Subcommittee, 2025. Journal of General Virology, 2025. 106(7). https://doi.org/10.1099/jgv.0.002115  
  • Hommay, G., et al., Vector Biology of the Soft Scales Parthenolecanium corni (Bouché) and Parthenolecanium persicae (Fabricius) (Hemiptera: Coccidae) With Grapevine Leafroll-Associated Viruses and Grapevine Virus A. Journal of Applied Entomology, 2024. https://doi.org/10.1111/jen.13387 
  • Joly, A.C., et al., An extensive survey of phytoviral RNA 3’ uridylation identifies extreme variations and virus-specific patterns. Plant Physiology, 2023. https://doi.org/10.1093/plphys/kiad278 
  • Kubina, J., et al., Characterization of Grapevine Fanleaf Virus Isolates in Chardonnay Vines Exhibiting Severe and Mild Symptoms in Two Vineyards. Viruses, 2022. 14(10): p. 2303. https://doi.org/10.3390/v14102303 
  • Hily, J.M., et al., Metagenomic analysis of nepoviruses: diversity, evolution and identification of a genome region in members of subgroup A that appears to be important for host range. Archives of Virology, 2021. 166: p. 2789-2801. https://doi.org/10.1007/s00705-021-05111-0 
  • Hily, J.-M., et al., Evidence of differential spreading events of grapevine pinot Gris virus in Italy using datamining as a tool. European Journal of Plant Pathology, 2021. https://doi.org/10.1007/s10658-021-02343-3 
  • Martin, I.R., et al., Severe Stunting Symptoms upon Nepovirus Infection Are Reminiscent of a Chronic Hypersensitive-like Response in a Perennial Woody Fruit Crop. Viruses, 2021. 13(11): p. 2138. https://doi.org/10.3390/v13112138 
  • Hily, J.-M., et al., Biological Evidence and Molecular Modeling of a Grapevine Pinot gris Virus Outbreak in a Vineyard. Phytobiomes Journal, 2021. 0(0): p. PBIOMES-11-20-0079-R. https://doi.org/10.1094/PBIOMES-11-20-0079-R 

Le LPA Vitivirobiome participe à un congrès international dédié aux virus de la vigne

Comment les techniques HTS permettent de mieux connaitre les virus de la vigne ?