Dépérissements

Les maladies émergentes

(Mise à jour août 2017)

L’absence de virus et de pathogènes apparentés (phytoplasmes, viroïdes, bactéries… ) dans les vignes mères de greffons et de porte-greffe est essentielle pour la filière vitivinicole. Ces agents pathogènes étant transmis par les bois des greffons et des porte-greffes, s’ils sont présents, ils le resteront dans la descendance, aucun traitement curatif n’étant possible. La seule méthode de lutte restera alors l’arrachage des plants atteints et la lutte contre les vecteurs, quand ils existent, pour éviter la contamination des autres plants. La méthode la plus efficace demeure donc de ne diffuser que du matériel exempt de ces agents pathogènes. Pour cela, il est nécessaire d’avoir les moyens de les détecter efficacement.
Plus de 60 virus ont été identifiés sur vigne à cette date même si très peu ont un impact bien connu.
L’amélioration des connaissances, tant en terme de pathogènes (liste et impact des virus) qu’en terme de techniques, pourrait conduire à faire évoluer la réglementation et à élargir la gamme de détection de ces virus que ce soit dans un objectif d’agrément ou de suivi des vignes-mères. Il est donc important de faire évoluer les méthodes de détection pour pouvoir compléter la gamme de tests proposés et anticiper les besoins de l’ensemble de la filière. Ainsi, la PCR en point final ou en temps réel sont des techniques qui doivent être mises en place en complément de l’ELISA pour nos besoins propres ou pour les proposer à la filière.
La bibliographie scientifique actuelle met par ailleurs en évidence un foisonnement d’innovations dont l’intérêt doit être évalué tant sur le plan technique qu’économique.
Ainsi commencent à se multiplier des propositions de kits de diagnostic adaptés à la vigne découlant de certaines de ces évolutions méthodologiques. La question de leurs intérêts respectifs pour détecter différents types d’agents pathogènes se pose. Les performances de certaines de ces techniques de détection dites « au champ » et « rapides » en laboratoire (LAMP, nouvelles générations de puces…) pourront ainsi être évaluées. Des approches de métagénomique plus novatrices permettant, d’une part, d’appréhender l’état sanitaire global d’une plante ou d’un ensemble de plantes et d’autre part, d’identifier de nouveaux virus ou variants associés à différentes symptomatologies pourront aussi être testées.
Une veille scientifique sur l’émergence ou de la recrudescence de virus ou maladies apparentées au niveau international est aussi mise en place.

Derniers résultats acquis

Les objectifs sont (1) de réaliser une veille scientifique afin d’identifier les maladies transmissibles (virus et apparentés) qui pourraient devenir préoccupantes pour la filière viticole française, (2) de développer si besoin des tests adaptés à leur détection et (3) d’évaluer l’intérêt de nouvelles méthodes de détection sur des maladies réglementées ou importantes.

Veille scientifique sur l'émergence de virus et maladies apparentées et développement de tests de détection adaptés

En 2015, l’attention s’est centrée sur 2 agents pathogènes : un virus, le GPgV (Grapevine Pinot Gris Virus) et une bactérie : Xylella fastidiosa, agent de la maladie de Pierce sur vigne. Pour le premier nous avons évalué différentes amorces d’équipes internationales, afin de pouvoir utiliser les amorces les plus universelles Une visite et des contacts ont également été établis avec l’équipe Italienne du centre CREA (Sussegana).
Xylella fastidiosa est un organisme de quarantaine en Europe. Elle est responsable sur vigne de la maladie de Pierce qui a fait d’importants dégâts dans les vignobles Californiens dans les années 1990. En octobre 2013, 2 foyers ont été détecté en Italie sur des oliviers. De par son statut d’organisme de quarantaine, aucune introduction de matériel malade n’est envisageable et il semble donc difficile de pouvoir valider tel ou tel test de détection. Des contacts ont été pris avec le LSV (Angers et Clermont-Ferrand) pour évaluer la possibilité de pouvoir réaliser de tels tests dans leurs laboratoires en conditions de confinement avant toute introduction de matériel venant d’Italie. Par ailleurs, une veille scientifique a été initiée sur le sujet afin de se préparer à son éventuel passage sur vigne.

Développement de nouvelles méthodes sur virus connus et évaluation de l'intérêt de nouvelles techniques pour la détection

La détection des virus peut se faire par différentes méthodes, de type biologique (indexage), ou par des méthodes de détection directe : ELISA et RT-PCR.
Le principal atout de la technique ELISA est sa rapidité qui permet de tester un nombre d’échantillons conséquent en un temps limité. La limite de cette technique reste l’existence de sérums adaptés (sensibilité, spécificité) fournis par des laboratoires spécifiques. Il n’existe ainsi pas sur le marché de sérums pour tous les virus et, quand ils existent, leur efficacité est parfois limitée (cas du GVB et du GRSPaV par exemple).
A contrario, la détection par RT-PCR1 basée sur le développement d’amorces est indépendante des fournisseurs de sérums. Dès que la séquence d’un virus est connue, il est possible, assez rapidement de développer des amorces qui seront utilisées pour sa détection. L’inconvénient de cette technique est qu’elle ne peut, pour l’instant, être utilisée que pour un nombre limité d’échantillons, les premières étapes de préparation et d’extraction des ARN/ADN des virus étant chronophages. L’apparition assez récente de nouvelles machines sur le marché permet d’envisager le développement de tests de détection par RT-PCR à grande échelle en complément ou en remplacement de l’ELISA.

1) RT-PCR : technique de biologie moléculaire permettant l’amplification d’une partie du génome du virus

Détection des virus par RT-PCR

Afin de profiter des technologies de dépistage de pointe et pour améliorer la garantie sanitaire des clones, nous avons développé, en complément des tests ELISA, des méthodes de détection par RT-PCR et qRT-PCR.
Ces méthodes plus sensibles sont maintenant disponibles pour la détection des virus impliqués dans l’enroulement (GLRaV 1,-2,-3, 4 like, -7), le Court-Noué (ArMV, GFLV et TBRV), la marbrure (GFkV), le GVA, le GVB, le GRSPaV et certains virus identifiés à l’étranger comme le Red Blotch (GRBaV) identifié en 2011 aux Etats-Unis puis au Canada et le GPgV.

Développement et utilisation des Nanobodies pour la détection des virus impliqués dans le Court-Noué

L’objectif est de disposer d’une analyse plus rapide, potentiellement plus sensible et moins coûteuse que les tests ELISA actuels.
Les nanobodies sont des petits anticorps d’environ 15kDa produits par les Camélidés. Ils pourraient constituer un puissant outil de diagnostic en remplacement des sérums actuellement commercialisés de par leur coût de production réduit et leur sensibilité potentiellement supérieure à celle des anticorps classiques. Ces travaux sont réalisés dans le cadre d’une thèse en collaboration avec l’IBMP de Strasbourg et l’INRA de Colmar.
Les objectifs de cette thèse sont i) d’évaluer le potentiel des Nanobodies (Nb) pour la détection des virus du court-noué ii) de développer un test de type ELISA et iii) à plus long terme de développer un test en bandelettes directement utilisable au vignoble.
La production et la purification a été réalisée ainsi que l’évaluation du spectre de détection sur les collections présentes à Colmar et au Grau du Roi. Restent à optimiser les différentes étapes afin de comparer les performances du test « ELISA Nanobodies » en matière de sensibilité et de spécificité par rapport aux tests commerciaux existants. Si ce test fonctionne, il pourrait ensuite être utilisé pour le suivi de l’état sanitaire des souches dans le cadre de la certification sous réserve de validation par le ministère.

Les partenaires

Equipe Vive de l’INRA de Colmar, LDA de Macon, CNRS de Strasbourg, INRA et Université de Bordeaux (Equipe de Virologie, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie)

Xylella Fastidiosa, la crainte d’une émergence
Présentation de François-Michel Bernard (IFV), à Millésime bio 2016

Publications

Communications scientifiques

Abou-Mansour E., Débieux J.L., Ramirez-Suero M., Bénard-Gellon M., Magnin-Robert M., Spagnolo A., Chong J., Fraine S., Bertsch C., L’Haridon F., Serrano M., Fontaine F., Rego C. & Larignon P. 2015. Phytotoxic metabolites from Neofusicoccum parvum, a pathogen of Botryosphaeria dieback of grapevine. Phytochemistry. 115, 207-215.
Larignon P., Spagnolo A., Bertsch C. & Fontaine F. 2015. First report of young decline caused by Neofusicoccum parvum in France. Plant Disease. 06/2015; DOI:10.1094/PDIS-03-15-0280-PDN
Bénard-Gellon M., Farine S., Goddard M.L., Schmitt M., Stempien E., Pensec F., Laloue H., Mazet-Kieffer F., Fontaine F., Larignon P., Chong J., Tarnus C. & Bertsch C. 2014. Toxicity of extracellular proteins from Diplodia seriata and Neofusicoccum parvum involved in grapevine Botryosphaeria dieback. Protoplasma, 252, 679-687.
Spagnolo A., Larignon P., Magnin-Robert M., Hovasse A., Cilindre C., Van Dorsselaer A., Clément C., Schaeffer-Reiss C. & Fontaine F. 2014. Flowering as the most highly sensitive period of grapevine (Vitis vinifera l. cv mourvèdre) to the Botryosphaeria dieback agents Neofusicoccum parvum and Diplodia seriata infection International Journal of Molecular Sciences. 15, 9644-9669.
Spagnolo A., Magnin-Robert M., Alayi T.D., Cilindre C., Schaeffer-Reiss C., Van Dorsselaer A., Clément C., Larignon P., Suero-Ramirez M., Chong J., Bertsch C., Abou-Mansour E. & Fontaine F. 2014. Differential responses of three grapevine cultivars to Botryosphaeria dieback. Phytopathology. 104, 1021-1035.
Berstch C., Ramirez-Suero M., Magnin-Robert M., Larignon P., Chong J., Abou-Mansour E., Spagnolo A., Clément C. & Fontaine F. 2013. Grapevine trunk diseases: complex and still poorly understood syndromes. Plant Pathology. 62, 243-265.
Larignon P., Fontaine F., Farine S., Clément C. & Berstch C., 2009. Esca et Black Dead Arm : deux acteurs majeurs des maladies du bois chez la Vigne. C.R. Biologies de l’Académie des Sciences, 332, 765-783.

Communications techniques et vulgarisation

Larignon P. 2016. Maladies cryptogamiques du bois de la vigne : symptomatologie et agents pathogènes. site national IFV. 165 pages
Larignon P. 2015. Maladies du bois de la vigne : Un fléau pour le vignoble. Le Vigneron des Côtes-du-Rhône et du Sud-Est. 845, 20-24.
Larignon P. 2015. Compte rendu des journées maladies du bois de la vigne. Journées du Groupe National des maladies du bois de la vigne. Colmar, 17-18 novembre 2015.
Yobregat O. & Larignon P. 2014. Les greffes-boutures herbacées, matériel d’étude précieux pour évaluer les contaminations au vignoble. La Grappe d’autan. 100, 6-7.
Larignon P., Fontaine F. & Bertsch C. 2014. L’arsénite de sodium de nouveau à l’étude. La Grappe d’autan. 100, 8.
Cahurel J.Y. 2013. Suivi des maladies du bois sur quelques essais mode de conduite. Les 22èmes Entretiens du Beaujolais, 18 avril 2013, Saint-Jean d’Ardières, 5-10.
Larignon P. 2013. Compte rendu sur les maladies du bois de la vigne. Journées nationales scientifiques Maladies du bois de la vigne. Angers. 19 – 20 mars 2013.
Larignon  P., Baptiste C., Mallet J.F., Granier J.P. & Bloy P. 2013. Greffage en vert, premier test contre les maladies du bois. Phytoma, 661, 33-35.
Larignon P. 2012. Maladies cryptogamiques du bois de la vigne : symptomatologie et agents pathogènes. 74 pages.
Geffroy O. 2011. Lutte contre les maladies du bois. La grappe d’Autan. 82, 2-5.
Larignon P. 2011. Les maladies du bois de la vigne. Quelques éléments sur la biologie de deux champignons associés, Phaeoacremonium aleophilum et Diplodia seriata. Phytoma. 646, 41-44.
Larignon P. 2010. Dépérissement sur jeunes plantes. Des symptômes liés au champignon Neofusicoccum parvum déjà connu comme lié au black dead arm sur vigne adultes. Phytoma. 635, 44-46.
Larignon P., Coarer M., Larbre C., Girardon K., Viguès V. & Yobregat O., 2009. Identification sur le matériel végétal des sources d’inoculum des champignons associés aux maladies du bois. Phytoma, 622-623, 46-48.