Derniers résultats acquis

(Mise à jour août 2017)

Identification des agents pathogènes responsables de dépérissements chez les jeunes plantes

Cette action menée depuis 2007 a permis d’identifier plusieurs maladies : BDA (Côtes-de-Provence Sainte-Victoire, Côteaux d’Aix-en-Provence, Bourgogne) lié à Neofusicoccum parvum, la verticilliose (Chablis, Sancerre) associée à Verticillium longisporum, un dépérissement lié au Phomopsis viticola (Sussex, Côtes-de-Provence Sainte-Victoire). Un autre dépérissement a été observé dans le vignoble de Cognac. Il se traduit par des tigrures de feuilles et des nécroses sectorielles de couleur brune dans le rameau commençant à partir de bourgeons. Il est associé au champignon Diplodia mutila.
D’autres maladies ont été observées mais les causes ne sont pas encore connues. Notre travail consiste à les identifier. Pour la maladie sévissant au Jura, se traduisant par des symptômes similaires à la forme lente de l’esca dans sa première phase d’expression, il ne semble pas qu’elle soit due aux agents associés à l’esca/BDA car ils ne sont pas rencontrés sur tous les sites visités. Les analyses microbiologiques indiquent au contraire qu’elles seraient plutôt liées à des bactéries. Des analyses complémentaires réalisées par une technique d’empreinte moléculaire (SSCP) confortent ces résultats, elles indiquent que la communauté fongique est différente d’une parcelle à une autre alors que celle de nature bactérienne était similaire.

Identification du cycle biologique des Botryosphaeriaceae

Les travaux réalisés en France à partir des années 2000 ont montré : 1) leur propagation par voie aérienne, 2) le rôle des plaies de taille comme possibles voies de pénétration, 3) la période à laquelle elles sont contaminées (après la période des pleurs et suite à des pluies), 4) leur pénétration via les plaies occasionnées lors des opérations en vert ou d’événements climatiques. Ils se sont ensuite élargis sur d’autres phases et mettent en évidence : leurs sources d’inoculum (pycnides sur les chancres, les bois de taille et d’anciennes plaies, mycélium sur les sarments, les rafles), une période de sensibilité de la plante (floraison à la véraison) face à ces champignons.
Les analyses effectuées entre 2014 et 2016 sur la mise au point d’une méthode de quantification de l’inoculum dans une parcelle fortement atteinte par la Botryosphaeriose, confirment ces résultats. L’inoculum est surtout présent sur les anciennes plaies de taille, les écorces de coursons et les sarments laissés au niveau du sol et reste aussi important tout le long de l’année. Il est cependant peu trouvé sur les rafles et les vrilles. La comparaison de parcelles atteintes à différents niveaux (forte présence ou absence) montre que l’inoculum peut être aussi important entre ces deux catégories de parcelles. Les différences observées sur la manifestation des symptômes, alors que la quantité d’inoculum est similaire, peuvent être expliquées par une qualité différente des populations de Botryosphaeriaceae, des pratiques culturales ou des conditions pédoclimatiques différentes ou la présence d’autres maladies comme le Court-Noué observé sur la parcelle sans symptôme, pouvant rendre la vigne moins sensible à la Botryosphaeriose.
La localisation des Botryosphaeriaceae a été précisée par analyse de 130 rameaux prélevés à trois stades phénologiques (floraison, véraison, avant vendange) sur une parcelle de Mourvèdre lors de l’année 2016. Ils sont surtout rencontrés dans les deux premiers entre-nœuds, et plus particulièrement dans les rameaux malades.
Concernant l’identification des périodes de sensibilité de la plante face aux Botryosphaeriaceae, notre travail effectué pendant trois années consécutives (2014 à 2016) montre la non sensibilité de la plante durant toute la phase de repos de la vigne. La vigne ne semble être ainsi sensible que pendant la période végétative (entre la floraison et la véraison). Cette sensibilité est dépendante de la charge, une vigne est moins sensible au stade floraison lorsque les inflorescences sont enlevées dès leur apparition suggérant ainsi une meilleure aptitude à se défendre.
Enfin, un outil basé sur la différentiation infraspécifique par PCR a été mis au point pour les deux espèces de Botryosphaeriaceae (Neofusicoccum parvum et Diplodia seriata) les plus souvent rencontrées dans le vignoble, il permettra de caractériser leur biodiversité. Des travaux sont en cours pour mettre au point et développer un outil moléculaire qui permettra de co-localiser in planta les Botryosphaeriaceae et l’induction de marqueurs de défense de la plante aux mêmes sites. Une sonde a été ainsi mise au point et validée pour N. parvum en 2016.

Effet de l’arsénite de sodium sur le cycle biologique des agents pathogènes

Le traitement de ceps de vigne avec l’arsénite de sodium conduit à une modification de la microflore des écorces et des tissus ligneux de coursons ou de rameaux. Il a une efficacité sur les champignons associés aux maladies du bois. Il réduit fortement les populations de Botryosphaeriaceae sur les écorces et au niveau des tissus ligneux sous-jacents à la plaie de taille. La colonisation des tissus ligneux du rameau par ces champignons est aussi peu fréquente chez une plante traitée contrairement à une plante non traitée. La raréfaction des sources d'inoculum produite par un tel traitement, entraînant ainsi une moindre contamination de la plante, serait à l'origine de la disparition des symptômes foliaires. Leur manifestation serait ainsi liée à des contaminations annuelles, hypothèse qui devra être confirmée par de futures études.

Influence des facteurs environnementaux

Notre travail porte sur l’identification des facteurs abiotiques et biotiques (facteurs agronomiques, pratiques culturales) qui sont favorables à leur expression. Ces études initiées depuis de nombreuses années par différents organismes ont permis de montrer le rôle du climat et du sol sur l’extériorisation des symptômes foliaires. Plusieurs pratiques culturales (mode de conduite, densité de plantation, irrigation) sont aujourd’hui évaluées dans le Beaujolais et le Sud-Est de la France. Du fait de la durée des expérimentations mises en œuvre, il n’est pas possible de tirer des conclusions définitives sur de tels essais en 2015 2016. Cependant, les premiers résultats permettent de mettre en évidence l’influence de quelques pratiques culturales sur l’extériorisation des maladies du bois, essentiellement l’eutypiose. Ainsi, la taille cordon est plus sensible à l’eutypiose. Pour l’esca/BDA, les résultats sont variables d’une situation à une autre et il est difficile de tirer une conclusion quant à l’influence de la taille sur ces maladies. La situation semble avoir plus d’importance que les modalités testées.
Par ailleurs, un modèle conceptuel explicatif des maladies a été réalisé au moyen d’une analyse bibliographique et la rencontre d’experts. Il a permis permettra de proposer puis d’ordonner les différents facteurs impliqués dans ces maladies paraissant complexes. La construction de prototypes permettra ensuite de tester les itinéraires retenus.

Evolution de la vigueur et de la production des ceps en lien avec les symptômes de maladies du bois

Les recherches sur les maladies du bois s’intensifient actuellement sur le volet agronomique afin de mieux comprendre l’implication de l’état physiologique de l’hôte dans la prévalence des symptômes foliaires et de la mort des ceps. Peu de résultats existent actuellement quant à l’influence de facteurs agronomiques sur les symptômes ou la mort de ceps. L’objectif de notre étude est de décrire les dernières années de vie du cep, notamment de mieux caractériser l’impact des symptômes sur la vigueur et la production du cep. Cette étude réalisée sur deux parcelles de Cabernet-Sauvignon et une de Grenache situées dans la région PACA montre en 2014 et 2015 que pour les ceps conduits en taille courte, i) la plus petite unité d’expression des symptômes est le courson ou la baguette, ii) les deux formes d’expression (forme lente et sévère) peuvent être trouvées sur la même plante, iii) les symptômes surviennent par épisodes, c’est-à-dire le cep peut être atteint en plusieurs fois (courson après courson ou bras après bras),  iv) la survie des coursons symptomatiques (c’est-à-dire le devenir du sarment symptomatique) est variable d’une parcelle à l’autre ; toutefois les formes sévères meurent beaucoup plus que les formes lentes, v) la mortalité du courson est directement liée au symptôme foliaire et non pas à la présence d’un symptôme foliaire sur un autre courson du cep, vi) le comportement des parcelles face à la mortalité est variable selon les parcelles, vii) le taux de manquants constitue l’essentiel de la perte quantitative de la récolte. Enfin, ce travail a permis de montrer que les dégâts observés chez les ceps exprimant des symptômes sur la partie herbacée l’année n s’estompent en année n+2 (rétablissement de la production).

Les méthodes de lutte

Les travaux effectués dans le cadre de l’AAP Casdar (2010-2011) ont montré que la technique de greffe-bouture herbacée permettait d’obtenir des plants totalement exempts des champignons liés aux maladies du bois. Pour comprendre la vitesse à laquelle une parcelle saine est réinfectée, et de ce fait évaluer l’intérêt ou non de produire des plants sains en sortie de pépinière, une parcelle a été implantée en 2013 dans le Sud-Ouest. Elle compare du matériel végétal issu de greffage herbacé à des plants réalisés en greffage ligneux à partir des mêmes origines de greffons et porte-greffes. Les analyses microbiologiques réalisées sur les greffes-boutures herbacées de Sauvignon blanc /110R avant plantation ont confirmé l’absence de champignons pathogènes, contrairement aux plants traditionnels contaminés à près de 77% (tissus internes et externes). Effectuées un an après la plantation, elles montrent déjà la présence des Botryosphaeria dans les greffes-boutures herbacées. Un an plus tard, et ne considérant que la présence des Botryosphaeriaceae dans les tissus internes, les deux lots montrent un niveau de contamination proche. La convergence des courbes est très rapide, laissant augurer pour 2017 de taux de contamination comparables pour les deux lots de plants. Dès lors, si cette tendance se confirme, des conclusions devront rapidement être tirées concernant l’importance relative du primo-inoculum issu de la pépinière et les contaminations constatées au champ. En particulier, l’intérêt des méthodes prophylactiques basées sur la désinfection du matériel de pépinière devra être revu.
Deux pratiques de restauration de ceps atteints par l’esca/BDA ont aussi été évaluées : le curetage et le recépage. La première technique, évaluée dans deux vignobles différents (Alsace, Provence-Alpes-Côte d’Azur) a consisté à enlever le bois dégradé de ceps malades à l’aide d’une petite tronçonneuse. En comparaison à des ceps malades et non curetés, il a été observé qu’en 2016 cette pratique semble limiter l’expression des symptômes foliaires d’esca/BDA. La vigueur de ceps curetés serait au moins équivalente à celle de ceps non curetés et n’exprimant pas de symptômes en 2016. Enfin, cette pratique n’a aucun effet sur le statut hydrique de la plante. Quant au temps de travail nécessaire pour réaliser cette opération chirurgicale, il est très variable selon le système de taille. Pour les ceps conduits en guyot double, il a été estimé à environ 5 mn par cep et pour ceux menés en cordon, à 15 min par cep. La deuxième technique évaluée dans le vignoble du sud-est de la France n’a pas permis aujourd’hui de montrer son efficacité envers l’esca/BDA.
Concernant l’étude, toujours en cours, sur l’identification des sources de tolérance aux agents de l’eutypiose et du BDA au sein des diversités génétiques de Vitis vinifera (clonale et variétale), elle a consisté à cribler les bases de données existantes pour bien annoter les régions du génome contenant les 5 gènes candidats, à cribler une population d’autofécondation de Savagnin pour la tolérance envers les Botryosphaeriaceae, à réaliser le phénotypage de 10 clones de divers cépages (Chenin, Sauvignon, Cabernet franc) après inoculation avec les Botryosphaeriaceae et à développer des outils de PCR quantitative.

Evaluation de l’impact œnologique et microbiologique

Ce travail initié en 2014 et poursuivi en 2015 et 2016 dans le Val de Loire sur le Melon de Bourgogne et le Sauvignon, cépages sensibles à l’esca/BDA, a permis, par comparaison de ceps symptomatiques et asymptomatiques, de montrer une perte de récolte estimée par le poids des grappes et de jus au pressurage, un retard de la maturation caractérisé par une baisse de la teneur en sucres, une augmentation de l’acidité totale, de l’acide malique et de l’azote assimilable et une fermentescibilité accrue. La biodiversité levurienne en général est meilleure dans les modalités apparemment saines. Enfin, il a été montré une différence significative entre les modalités au niveau de l’acidité et la teneur en certains composés aromatiques. La modalité « malade » n’est jamais la modalité la moins appréciée et est au contraire souvent l’une des préférées.

 

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